Elle est née le 28 septembre 1980. Haydée a commencé les études de musique à l’âge de 6 ans au Conservatoire Manuel Saumell de La Havane, où elle a choisi la spécialité de piano. Ensuite elle a continué ses études en Direction Chorale. Elle s’est diplômée en matières théoriques musicales au Conservatoire Amadeo Roldán. Plus tard, elle perfectionne ses études en harmonie populaire avec le maitre Pedro Jústiz (Peruchín). Sa première participation dans un disque se produit en 1990 (Canto de la abuela, Pablo Milanés).
À partir de 1999 elle fait partie du Quartet d’Érnán López Nussa. Dans l’année 2000 elle participe au Heineken Festival de Sao Paulo, au Brésil. Sa discographie décolle en 2004 avec le CD Haydée, composé, corrigé et produit par Descemer Bueno. D’autres disques l’ont suivi tels que Haydée Milanés en vivo (2008) où elle partage la scène avec Santiago Feliú, David Torrens, Aldo López Gavilán, parmi d’autres artistes renommés. Dans sa discographie, assez vaste déjà, les disques dédiés à l’œuvre de Marta Valdés et Pablo Milanés sont remarquables.
Ses présentations au Mexique, en Espagne, en Colombie et au Pérou constituent un échantillon du répertoire cubain, qu’elle défend aussi lors de ses présentations sur les scènes cubaines. Haydée Milanés possède des Prix Cubadisco et Lucas.